Στα χρόνια της Κατοχής

Με την κήρυξη του πολέμου οι απόφοιτοι, νέοι στην ηλικία, στρατεύθηκαν και έφυγαν για το αλβανικό μέτωπο. Η δραστηριότητα του Συλλόγου όπως και κάθε σωματείου ανεστάλη – το εντευκτήριο μάλιστα έπαθε ζημιές από τους βομβαρδισμούς – καθώς η γερμανική εισβολή τον Απρίλιο του 1941 απαγόρευσε τη λειτουργία των σωματείων και τη συγκέντρωση ομάδων. Το Κολλέγιο έκλεισε και οι εγκαταστάσεις χρησιμοποιήθηκαν ως αρχηγείο των γερμανικών στρατευμάτων. Η ίδρυση του εκπαιδευτηρίου Κοραή υποκατέστησε το “Ανατόλια” και η πλειονότητα των μαθητών συνέχισαν εκεί τις σπουδές τους. Μόνο τον τελευταίο χρόνο της Κατοχής οι απόφοιτοι άρχισαν να ξαναζούν τις παλιές συντροφιές τους και να κάνουν σχέδια για την επαναλειτουργία του Συλλόγου.